El film Els fills de Pinochet documenta el testimoni de tres representants de la generació xilena que van créixer sota la dictadura de Pinochet -de la qual la directora també forma part-, i comprèn des del cop militar el 1973, quan Pinochet irromp en la vida dels xilens, fins al seu arrest i judici.

Carolina, Enrique i Alejandro eren encara uns nens quan Pinochet va assaltar violentament el poder el 1973. Tots ells han patit la dictadura. Dos dels seus pares van ser assassinats i el pare del tercer es va haver d’exiliar. Recorden el dolor i la por que van viure de petits durant els primers anys de les noves regles militars. Ja en els seus anys d’adolescència, van començar a revoltar-se contra el règim i, de cop i volta, es van veure convertits en distingits líders estudiantils dirigint moviments socials de la joventut xilena contra el dictador.

Al documental reflecteixen les causes que els van guiar cap a la rebel·lió, les motivacions, la necessitat d’obrir un espai lliure de limitacions establertes pel règim totalitari, etc. Amb el temps, abandonen gradualment la vida política. Quan arresten Pinochet, reflexionen sobre el significat i les conseqüències de la seva detenció i del seu posterior judici i sobre la manera com això els afecta, tant a ells com a Xile.